em_workflows

• Config module
  • setup_pytools_log()
  • SLURM_exec()
  • Config
    • Config.imod_root
    • Config.bioformats2raw
    • Config.brt_binary
    • Config.header_loc
    • Config.mrc2tif_loc
    • Config.newstack_loc
    • Config.HIGH_SLURM_EXECUTOR
    • Config.SLURM_EXECUTOR
    • Config.user
    • Config.tmp_dir
    • Config.local_storage
    • Config.pickle_serializer
    • Config.proj_dir()
    • Config.assets_dir()
    • Config.repo_dir
    • Config.template_dir
• File_path module
  • log()
  • FilePath
    • FilePath.assets_dir
    • FilePath.working_dir
    • FilePath.get_environment()
    • FilePath.make_work_dir()
    • FilePath.make_assets_dir()
    • FilePath.copy_to_assets_dir()
    • FilePath.gen_output_fp()
    • FilePath.gen_asset()
    • FilePath.gen_prim_fp_elt()
    • FilePath.copy_workdir_to_assets()
    • FilePath.copy_workdir_logs_to_assets()
    • FilePath.rm_workdir()
    • FilePath.run()
• Utils
  • Neuroglancer module
    • rechunk_zarr()
    • bioformats_gen_zarr_dup()
    • bioformats_gen_zarr()
    • zarr_build_multiscales()
    • zarr_build_multiscales2()
  • Utils module
    • Header
      • Header.x
      • Header.y
      • Header.z
    • BrtOutput
      • BrtOutput.ali_file
      • BrtOutput.rec_file
    • log()
    • lookup_dims()
    • collect_exception_task_hook()
    • update_adoc()
    • copy_tg_to_working_dir()
    • copy_template()
    • notify_api_completion()
    • get_environment()
    • copy_workdirs_and_cleanup_hook()
    • callback_with_cleanup()
    • generate_flow_run_name()
• DM Conversion
  • DM conversion flow
    • convert_dms_to_mrc()
    • convert_if_int16_tiff()
    • convert_2d_mrc_to_tiff()
    • convert_dm_mrc_to_jpeg()
    • scale_jpegs()
  • DM constants
    • LARGE_2D
    • SMALL_2D
    • TIFS_EXT
    • DMS_EXT
    • JPGS_EXT
    • PNGS_EXT
    • MRCS_EXT
    • VALID_2D_INPUT_EXTS
    • KEYIMG_EXTS
• BRT
  • BRT flow
    • Batchruntomo pipeline overview:
    • gen_dimension_command()
    • gen_ali_x()
    • gen_ali_asmbl()
    • gen_mrc2tiff()
    • gen_thumbs()
    • gen_tilt_movie()
    • gen_recon_movie()
    • gen_clip_avgs()
    • consolidate_ave_mrcs()
    • gen_ave_8_vol()
    • gen_ave_jpgs_from_ave_mrc()
    • cleanup_files()
    • gen_dimension_command()
    • gen_ali_x()
    • gen_ali_asmbl()
    • gen_mrc2tiff()
    • gen_clip_avgs()
    • consolidate_ave_mrcs()
    • gen_ave_jpgs_from_ave_mrc()
    • cleanup_files()
  • BRT constants
    • BRT_DEPTH
    • BRT_WIDTH
    • BRT_HEIGHT
• SEM Tomo
  • sem tomo flow
    • Sem Tomo pipeline overview:
    • gen_xfalign_comand()
    • gen_align_xg()
    • convert_tif_to_mrc()
    • create_stretch_file()
    • gen_newstack_mid_mrc_command()
    • gen_keyimg()
    • gen_keyimg_small()
    • gen_ng_metadata()
  • SEM Tomo constants
    • FIBSEM_DEPTH
    • FIBSEM_HEIGHT
    • FIBSEM_WIDTH
• CZI
  • CZI flow
    • Immunofluorescence (IF) microscopy overview:
    • Pipeline overview:
    • gen_thumb()
    • rechunk_zarr()
    • copy_zarr_to_assets_dir()
    • generate_imageset()
    • generate_zarr()
    • find_thumb_idx()
    • update_file_metadata()
    • generate_czi_imageset()
    • gen_thumb()
  • CZI constants
    • VALID_CZI_INPUTS
    • SITK_COMPRESSION_LVL
    • THUMB_X_DIM
    • THUMB_Y_DUM
    • TILE_SIZE